I løbet af besættelsesårene fra 1940-45 blev arbejdet i kredsene styrket indadtil, nye kredse stiftedes stadig, og medlemstallet blev fordoblet. Efter krigen har vi i 1946 den første førertræningslejr for førere fra hele landet, og samme år blev H. C. Barkan ansat som forbundssekretær for både pige- og drengeforbund, hvad der skulle vise sig at blive af overmåde stor betydning for arbejdets hele linje og udvikling i de følgende år.

1948 er et af de skelsættende i korpsenes historie. Udviklingen i begge forbund havde efterhånden bevirket, at vi mere og mere arbejdede på linje med de anerkendte spejderkorps, hvad angik opbygning, arbejdsteorier og arbejdsmetoder, og en helt naturlig følge af denne udvikling var, at man ved førerstævnet i Odense vedtog et forslag om fuldstændig overgang til spejderkorps med spejderlov og spejderløfte. Trekløver og lilje blev indført i korpsmærkerne i stedet for olielampe og anker. I virkeligheden drejede det sig kun om at få det ideologiske og teoretiske grundlag bragt i overensstemmelse med den praksis, der allerede gjaldt i de fleste kredse, hvor man ganske enkelt betragtede sig som spejdere.

Fra 1940 til 1948 havde Aage Baungaard Thomsen været korpschef, men da han rejste på studieophold til USA, konstitueredes M. C. Andersen som korpschef for begge korps.

I årene fra 1949-50 blev korpsenes første rigtige landspatruljekonkurrence under navnet “Øksefejden” afviklet. Nogle af opgaverne for samtlige deltagende patruljer var at fremstille et terrænbord over de danske baptisters missions- felt, samt fremstille en scrapbog over missionsarbejdet i Urundi (nuv. Burundi). Allerede tidligt har arbejdet i Afrika haft en naturlig placering i vore korps.